葡萄膜炎的发病机制不是太清楚，但是大部分都与免疫反应有关，造成的损伤中许多与凋亡有关。葡萄膜炎中凋亡的发生，主要是由Fas-FasL途径而引起凋亡，在单疱病毒性葡萄膜炎中，单疱病毒编码的蛋白质可以抑制Fas-Fasl途径而引起的T细胞的凋亡，致T细胞集聚，引起严重的急性视网膜坏死。在VKH综合征，由于凋亡破坏了正常的视网膜或脉络膜，诱发视网膜下的增殖反应引起视网膜下纤维化。在交感性眼炎、类肉瘤病和Fuchs内皮综合征之中，认为大量的巨噬细胞参加此反应，从而释放了凋亡的许多诱导物，如H2O2、NO、白细胞介素-1、TNF等，从而刺激Fas表达，与靶细胞受体FasL结合而诱发凋亡的发生。